Stephen Tong lahir pada 1940 di Xiamen, provinsi Fujian, RRC. Ayahnya berkebangsaan Cina dan ibunya seorang Tionghoa Indonesia. Pada usia tiga tahun, ayahnya meninggal dunia. Keluarganya bermigrasi ke Indonesia ketika ia berumur 9 tahun. Orangtuanya memiliki tujuh anak laki-laki (Tony, Yohanes, Petrus, Caleb, Solomon, ia sendiri, Joseph), lima di antaranya menjadi pendeta Kristen, dan seorang anak perempuan (Maria). Pada usia 17 tahun, ia menyatakan tekad untuk mengabdi pada Kristus setelah mendengar sebuah khotbah oleh Andrew Gih di sebuah KKR di Surabaya.

Wikipedia